Bacteriën zijn de belangrijkste oorzaak van contaminaties bij paddestoelen cultivatie. Deze eencellige micro-organismen zijn een continu gevaar voor je paddestoelculturen. Ze zijn een concurrent van het mycelium voor de voedingsbodem. Zeker in het beginstadium is het groeiende mycelium erg zwak en vaak daardoor niet bestand tegen agressieve bacteriën. Hierdoor is het sterilisatieproces ook zo belangrijk, zodat al deze bacteriën worden gedood.
Als het substraat geheel is gekoloniseerd, is het een stuk minder vatbaar voor bacteriën. Het mycelium is dan zo sterk dat het meestal kan blijven domineren over de bacteriën. Uiteraard is dit geen reden om de hygiëne regels maar overboord te gooien.
Bacteriën in het substraat kunnen in alle kleuren voor komen. De meest voorkomende kleuren zijn geel, oranje, zwart en groen.