Bij pasteurisatie van het substraat wordt het materiaal voor korte tijd verhit, waardoor veel bacteriën sterven. In tegenstelling tot sterilisatie worden niet alle bacteriën gedood. Bij casing lagen voldoet pasteuriseren, het substraat waarin geinoculeerd wordt dient wel altijd steriel te zijn.
Pasteurisatie wordt gedaan door het substraat voor enige tijd te verhitten in warm water van rond de 60 a 70 gr C.
Vooral stro wordt door de meeste cultivators gepasteuriseerd in plaats van gesteriliseerd.